淡水生物馆建于1995年，以展示淡水生物为主，包括分布于我国长江水系的珍贵水生动物，分布于南美洲、非洲及南亚的热带水生植物和动物等。其中有分别被列为国家一、二级保护动物的中华鲟、扬子鳄、中国大鲵（娃娃鱼）、胭脂鱼，还有生长于亚马逊河流域的巨骨舌鱼、盘丽鱼，凶猛的马来鳄等。